1986年审计室成立。1991年审计处成立。2000年复旦大学和上海医科大学合并后成立新的审计处。审计处作为学校治理结构中重要的组成部分,在坚持党对审计工作的集中统一领导下,紧紧围绕内部审计工作目标和职能定位,积极贯彻“防未病、治既病、强体系”的工作思路,践行“勾稽审比善谏助行”的处训内涵,坚持寓监督于服务之中,低调而务实地发挥“免疫系统”功能,力争为学校提供多角度、多层次的增值服务,为学校“双一流”建设保驾护航。